一方で、正常組織ではない「病的病変」が舌下面に生じる事例も日常的に報告されています。代表的な良性疾患の筆頭が「粘液嚢胞（ねんえきのうほう）」です。口の中には無数の微小な小唾液腺が存在しますが、誤って舌を噛んだり、尖った歯や義歯で粘膜を傷つけたりすると、唾液の流れる導管が破綻します。行き場を失った粘液が粘膜下に漏れ出して風船のように膨らみ、半透明や青紫色の丸いぶつぶつを形成します。特に舌の先端裏側にあるブランディン・ヌーン腺に好発します。
この粘液嚢胞が舌下腺本幹から生じ、舌の裏から口の底（口底）にかけて大きく腫れ上がる病態を「ガマ腫（ranula）」と呼びます。カエル（ガマ）が喉を膨らませた姿に似ていることから名付けられたもので、大きくなると親指大やピンポン玉ほどのサイズに達し、舌が持ち上げられて発音や嚥下に支障をきたします。
さらに、ウイルスの関与が指摘される良性腫瘍として「乳頭腫（にゅうとうしゅ）」があります。ヒトパピローマウイルス（HPV）低リスク型感染などが引き金となり、カリフラワー状やイボ状の白い突起を形成します。悪性化するリスクは極めて低いものの、自然消滅することは稀であり、局所麻酔下での外科的切除が必要となります。
