キッチンでの使い勝手にも決定的な違いがある。料理や温かい飲み物に入れる際、温度管理が極めて重要になる。オリゴ糖は熱に対して非常に安定しており、煮物や焼き菓子など、高温で加熱する調理に使用してもその構造や効果が失われることはない。
しかし、蜂蜜は熱に極めて弱い。60度以上の熱を加えると、含まれている酵素やビタミンなどの貴重な栄養素が破壊されてしまう。蜂蜜の恩恵をフルに受け取るためには、ヨーグルトにかける、トーストに塗る、あるいは少し冷ました紅茶に混ぜるなど、非加熱での使用が鉄則となる。この特性を無視して料理に使うと、ただの高カロリーな糖分になってしまうため注意が必要だ。