「みかんを食べ過ぎてトイレに駆け込んだ」「お腹がキリキリ痛む」というトラブルも頻発します。この消化器系の不快感には、主に3つの明確な要因が存在します。
第1の要因は、水分と水溶性食物繊維（ペクチン）の過剰摂取です。みかんは約85〜90%が水分で構成されています。短時間で何個も食べると腸内の水分量が急増するうえ、便を柔らかくするペクチンの働きが強く出すぎてしまい、軟便や下痢を引き起こします。
第2の要因は、柑橘類特有の「クエン酸」による胃腸粘膜への刺激です。空腹時にみかんを大量に食べると、強い酸によって胃酸過多になり、みかん食べ過ぎによる胃痛や胸やけを誘発することがあります。
第3の要因として挙げられるのが、ビタミンC過剰摂取による一過性の症状です。水溶性ビタミンであるビタミンCは余剰分が尿として排出されますが、一度に大量（数千ミリグラム単位）を取り込むと腸管内の浸透圧が乱れ、浸透圧性下痢や腹痛の原因になります。
