小学校卒業後の進路として、公立指定校となるのは京都市立岡崎中学校です。岡崎中学校もまた、落ち着いた学習態度と活発な部活動で知られ、近隣の公立高校トップ校（堀川高校、嵯峨野高校、洛北高校など）への合格者を多数輩出しています。
同時に、錦林小学校は中学受験を選択する家庭の比率が比較的高いエリアでもあります。洛星中学校や京都教育大学附属京都小中学校、同志社系列、立命館系列などの難関国私立中を目指して、3〜4年生頃から烏丸御池や京都駅周辺の大手進学塾へ通う児童も珍しくありません。受験組と公立進学組がお互いを尊重し合える空気感が学年内に保たれている点も、この学区の特筆すべき長所です。
