開校から15年以上が経過した2026年現在の幸福の科学学園野球部は、立ち上げ初期とは異なる成熟期に入っています。現在のチーム状況と指導体制の特徴は以下の3点に集約されます。
まず指導体制について、開校当初は外部招聘の指導者や社会人野球経験者による熱血的な強化が前面に出ていましたが、現在は学校教育の一環としての人格形成と科学的トレーニングを融合させた指導方針が定着しています。監督・コーチ陣は部員のコンディションや怪我予防を重視し、球数制限や休養日の設定など、近年の高校野球界全体のトレンドに即した合理的な指導を徹底しています。
メンバー構成の面では、部員数の極端な肥大化を避け、1学年10名前後から15名前後の目の行き届く少数精鋭編成を維持しています。主力選手には、中等部からの内部進学組と、高校からの外部入学生がバランスよく融合。かつてのような「甲子園出場最優先の突貫強化」から、限られた練習時間の中で効率よく勝利を目指すスマートなチーム作りへとシフトしています。