部活動の活発さが目立つ同校ですが、卒業生の進路においても堅実な成果を残しています。近年の北嵯峨高校の進学実績は、京都産業大学・近畿大学・佛教大学・龍谷大学といった関西の中堅私立大学（産近佛龍グループ）への進学がボリュームゾーンとなっています。
さらに、関関同立（関西大学・関西学院大学・同志社大学・立命館大学）への合格者を毎年コンスタントに輩出しているほか、成績上位層は京都教育大学や滋賀大学などの国公立大学へも進学しています。歴史ある公立校ならではの強みとして関西有名私立大学の指定校推薦枠が豊富であり、1年次から計画的に評定平均を積み上げて年内入試で志望校合格を決める生徒が多い点も特徴です。
