事態が動いたのは未明の出来事だった。京都府警察が設置した特別捜査本部は、事件発生直後から半径数キロ圏内に位置する民間防犯カメラやドライブレコーダーの映像を総力態勢で回収。男児の足取りが途絶えた通学路付近で、不審な挙動を見せるワンボックスカーを浮き彫りにした。
突入の瞬間、現場は緊迫した雰囲気に包まれた。捜査員がアパートの一室に踏み込んだ際、男は抵抗する素振りを見せたものの、速やかに取り押さえられた。部屋の奥の布団には、不安そうな表情を浮かべた小学生の男児が座り込んでいたという。男児は警察官の「もう大丈夫だよ」という声かけに深く息を吐き、安堵した様子を見せた。発見当時の男児には軽度の脱水症状が見られたものの、深刻な外傷は確認されていない。発生から逮捕までの緊迫した数十時間は、捜査員の粘り強い追跡によって決着を見た。
