保護者や受験生にとって、卒業後の進路選択の幅広さも極めて魅力的な要素だ。例年、卒業生の約85〜90%以上が、系列大学である同志社大学および同志社女子大学へ学内推薦制度を利用して進学する。日々の学力評価や学校生活への貢献度を総合的に審査する仕組みが整っており、受験戦争の過度なストレスに晒されることなく、3年間を探究活動や課外活動に集中できる環境が整っている。
もちろん進路は系列校だけに留まらない。国際バカロレア課程の修了生をはじめとする一部の生徒は、海外のトップ大学や国内難関国立大学、早慶などの最難関私大の総合型選抜（旧AO入試）に挑戦し、目覚ましい実績を収めている。推薦の安心感と外部受験の選択肢が高度に両立している点が、同校の大きな強みと言える。
