同校の教育課程は、将来の目的に応じて専門性を高められる2学科体制が構築されています。
長岡商業 総合ビジネス科では、マーケティング、簿記会計、ビジネス経済など、企業経営と流通の基盤を網羅的に学習します。日商簿記検定や全商各種検定の上位級取得をターゲットにしており、金融機関や一般企業の経理・総務・営業事務などを目指す生徒にとって直結したカリキュラムです。
一方の長岡商業 情報ビジネス科は、プログラミングやWebデザイン、情報セキュリティ、データベース管理などデジタル社会に対応したスキル習得に重きを置いています。ITパスポートや基本情報技術者試験といった国家資格の取得に挑む生徒も多く、近年のDX需要に伴って評価が一段と高まっています。