ハイドロカルチャーで観葉植物が枯れてしまう現場を検証すると、その失敗原因の85%以上が「根腐れ（酸欠）」に集中しています。土栽培の経験がある人ほど、「植物には毎日水を与えなければならない」という思い込みから、容器の底に常に水を溜めた状態にしてしまいがちです。これが植物の根を窒息させる最大の罠となっています。
植物の根は、水分を吸収するだけでなく、土や培地の隙間にある酸素を取り込んで呼吸しています。排水穴のない密閉容器で常に根が水に浸かっていると、水中の溶存酸素は数日で消費し尽くされ、根は呼吸困難に陥ります。呼吸ができなくなった根細胞は壊死し、そこへ嫌気性バクテリアが繁殖することで、根が黒くドロドロに腐敗していくのです。
さらに見落とされがちなのが、ハイドロボールと水耕栽培の違いによる保水・通気性のギャップです。純粋な水耕栽培（水だけで育てる水挿し）では水流や空気の接触面から酸素が取り込まれやすい一方、粘土を高熱焼成した多孔質の発泡煉石（ハイドロボール）を使うハイドロカルチャーは、粒と粒の間に適度な空気層を保つことで真価を発揮します。ボール全体が水で満たされてしまうと、ハイドロボール本来の通気性が完全に失われ、土栽培以上の急速な根腐れを引き起こします。
また、園芸店で購入した「土植えの植物」をそのままハイドロカルチャーへ移行させた際、根の構造が生理的に対応できず枯れるケースも目立ちます。土の中で発達した「土用根」と、水や高湿度下で機能する「水生根」では細胞組織が異なります。移行期に古い土が根元に残っていると、そこから雑菌が繁殖して一気に腐敗が進むため、完全な土の除去と発根環境の整備が求められます。
