第2次UWF解散後の1990年、藤原は自らの団体である「プロフェッショナルレスリング藤原組」を設立しました。この道場から巣立ったのが、後にパンクラスを旗揚げする鈴木みのるや船木誠勝、さらにはケン・シャムロックら、黎明期の総合格闘技界を牽引したトップファイターたちです。
藤原組で徹底して叩き込まれたのは、ゴッチ流の極め（サブミッション）と、倒されても絶対に極めさせないディフェンス技術でした。藤原の十八番である「脇固め（フジワラ・アームバー）」は、一瞬の隙を突いて相手の肘関節を極める芸術的な技として、海を越えて世界中のMMAファイターやWWEのレスラーに今なお研究・模倣されています。
弟子たちに対して時に厳しく、時に父親のように温かく接した藤原の指導理念は、日本MMAが世界水準へと発展する強固な土台を築き上げました。
