捜査権を持つのは警察官だけではありません。特定の専門分野における犯罪に対処するため、法律によって捜査権限を付与された公務員が存在します。これらを総称して特別司法警察職員と呼びます。
代表的な特別司法警察職員とその職務領域は以下の通りです。
- 麻薬取締官（厚生労働省地方厚生局）・麻薬取締員（都道府県）：薬物犯罪に特化した強力な捜査権限を持ちます。薬物犯罪の特殊性から、身分を隠して取引現場に潜入する「おとり捜査」が法律上認められているほか、自衛のための小型武器（拳銃）の所持・携帯が認められています。
- 海上保安官（海上保安庁）：日本の領海や排他的経済水域（EEZ）における海上犯罪（密輸、密航、不法操業、海難事故など）を捜査する権限を有します。
- 労働基準監督官（厚生労働省）：労働基準法違反などの労働環境に関わる犯罪について、事業場への臨検や関係者への取り調べ、強制捜査を行う権能を持ちます。
- 皇宮護衛官（警察庁）：皇居や御所内の治安維持、皇族の護衛に関連する犯罪の捜査権を持ちます。
- 森林国営職員、鉱務監督官など：国有林野の保全や鉱山保安に関する法令違反を取り締まる限定的な捜査権限を有しています。
なお、ドラマ『マルサの女』などで知られる国税査察官は、悪質な脱税事件を暴く「犯則調査権」を行使しますが、これは国税通則法に基づく行政上の調査権限であり、刑事訴訟法上の司法警察職員とは法的位置づけが異なります。ただし、裁判官の令状を得て臨検・捜索・差押えを行う点や、最終的に検察官へ告発して刑事告発につなげる実態は、警察の捜査と極めて類似しています。
