かつては週末になると乗船場に長い列ができ、周辺道路の渋滞を引き起こしていた。この問題を解決するため、2026年シーズンからは完全事前予約制の導入や、時間帯別の変動料金制（ダイナミックプライシング）が本格化した。
特に混雑が予想される午前11時から午後2時までの時間帯を避け、早朝や夕暮れ時の便を選ぶことで、割引料金が適用されるだけでなく、驚くほど静かな伊根湾を独占できる。スマートフォンのアプリ一つで簡単に予約と決済が完了するシステムは、外国人観光客だけでなく、国内の個人旅行者からも高い支持を得ている。
