手軽に鉄分が補給できる一方で、「過剰摂取による副作用や内臓への負担はないのか」という疑問を持つ人もいます。厚生労働省の「日本人の食事摂取基準」によると、成人女性の1日あたりの推奨鉄分摂取量は約10.5mg（月経あり）、耐容上限量は40〜45mg程度と設定されています。
鉄玉子から1回のお湯沸かしで溶出する鉄分量は約0.05〜0.1mg前後であり、日常的な料理や飲水で使用する分には、耐容上限量を大幅に下回る安全な範囲に収まります。サプリメントのような濃縮錠剤と異なり、鉄玉子の使用だけで鉄過剰症や急性の胃腸障害（嘔吐や下痢）を引き起こすリスクは極めて低いと言えます。
ただし、遺伝的に鉄が体内に過剰蓄積しやすい「ヘモクロマトーシス」の診断を受けている方や、医師から厳格な鉄分制限を指示されている方は、使用を控えるか事前に主治医へ相談してください。また、物理的な事故を防ぐため、小さな子どもの誤飲や、熱い鉄玉子の落下による火傷・床の破損には十分注意が必要です。
