宿泊者の口コミや体験ブログでとりわけ高い熱量をもって語られるのが、地下空間に広がる「サーマルスプリング（温泉）」です。敷地内の地下約1,000メートルから湧き出る天然温泉水を活用し、水着を着用して男女一緒に過ごせる温水施設として運営されています。薄暗いライティングの中に水音だけが響き、石造りの静寂な空間で温かいミストに包まれる時間は、日常の疲労を芯から解きほぐす瞑想的なリラクゼーション体験そのものです。一般的な大浴場とは一線を画すアンビエントな演出に、「まるで地下神殿のよう」と感嘆する滞在者が続出しています。
客室設備に関しても妥協がありません。最低でも約50平米を確保したデラックスルームから二条城を真正面に望むプレジデンシャルスイートまで、天然木と石材を贅沢に配した和モダンな客室が用意されています。客室内のウェットエリアには巨大な石造りのバスタブが据えられ、バスソルトを投入すれば部屋にいながら心地よい湯浴みが可能です。
また、食事の満足度を左右するレストラン体験も見逃せません。「ホテルザ三井京都 アフタヌーンティー」は中庭の借景を愛でながら京都の四季をスイーツで楽しめると評判で、開台当初から予約困難が続いています。一方、「ホテルザ三井京都 朝食料金」は洋朝食・和朝食ともに1名あたり6,500円〜7,500円前後（税・サ込）の設定となっており、高級クロワッサンや注文を受けてから焼き上げるエッグベネディクト、厳選された京都産コシヒカリと季節の焼き魚など、素材の選定において最高峰の矜持が貫かれています。
