インターネット上で「帝京長岡 野球部」と検索すると、「不祥事」「怪しい噂」といったネガティブな関連ワードが表示されることがあります。しかし、公的記録や日本学生野球協会の発表、報道各社の過去アーカイブを詳細に調査した結果、帝京長岡高校野球部に重大な規律違反や対外試合禁止処分等の不祥事が発生した事実は一切確認されません。
こうした検索ワードが生じる背景には、主に2つの要因が存在します。第1に、全国レベルで知名度を持つ他県の「帝京」系列校や近隣校で過去に発生した事例との混同。第2に、短期間で県内トップクラスへ急浮上した新興強豪校に対する、ネット掲示板特有のやっかみや憶測による検索トラフィックの増加です。
また、「特待生や推薦入試の選考が不透明なのではないか」という疑念についても、同校は明確な基準を設定しています。スポーツ特待生の採用においては競技成績だけでなく、中学校での学業評定（内申点）や生活態度、本人の学習意欲が厳格に審査されます。人間教育を基盤に置く芝草監督の方針のもと、挨拶や礼儀、学業成績の維持が部活動参加の前提条件となっているのが実態です。
