事件後、安重根および共犯者たちは、日本の租借地であった関東州の旅順へと移送されました。旅順工科学堂に特設された関東都督府地方法院において、公開裁判が執り行われます。
安重根は法廷においても理路整然と持論を展開し、自著『東洋平和論』の執筆を獄中で進めました。そこには、日・清・韓の3国が対等な立場で連携し、共同の軍隊や通貨を創設して欧米列強に対抗するという、先進的ともいえる地域安全保障の構想が記されていました。
しかし、裁判は日本の主権下で迅速に進められ、1910年2月14日に死刑判決が下されます。安重根は上訴権を放棄し、同年3月26日、旅順刑務所にて絞首刑が執行されました。享年30。現在でも韓国において安重根は「義士」として国家の英雄と讃えられる一方、日本側では初代総理を殺害したテロリストと捉えられるなど、両国の歴史認識の隔たりを象徴する存在であり続けています。
