新幹線や航空機を利用する際、見落としがちなのがターミナルから市内中心部（函館駅・五稜郭・ベイエリア）への「二次交通」の利便性です。
北海道新幹線の終着駅である新函館北斗から函館駅へのアクセスは、接続列車として運行されているJR「はこだてライナー」を利用するのが基本です。快速列車ならわずか約15分、普通列車でも約22分で函館駅に到着します。新幹線の到着時間に合わせてスムーズに乗り換えられるダイヤが組まれており、乗り換え改札を抜けて同じホームの向かい側から発着するため、重いスーツケースを持っていても移動のストレスはほとんどありません。
一方、函館空港から市内アクセスを担うシャトルバスは、航空便の到着口を出てすぐのバス乗り場から発着しています。函館駅前までは約20分（運賃500円）、湯の川温泉エリアならわずか約8分、五稜郭エリアへも路線バスで直行可能です。空港自体が市街地に非常に近いコンパクトな構造となっているため、飛行機を降りてから市内観光を開始するまでのタイムロスが極めて少ない点も函館の大きな強みです。
