京都大学陸上競技部の歴史は古く、大学の創設間もない時期から活動が始まったとされています。旧制第三高等学校時代からの伝統を受け継ぎ、戦前から関西の学生陸上界で一定の地位を築いてきました。
戦後の混乱期を経て、高度経済成長期には部員数も増加し、多くの種目で関西学生陸上競技対校選手権大会(関西インカレ)での入賞者を輩出するようになります。特に中長距離種目や跳躍種目では、全国大会でも通用する選手が育ちました。
近年では、箱根駅伝に出場できない関西の大学ながらも、全日本大学駅伝対校選手権大会の予選会に挑戦するなど、長距離ブロックの強化にも力を入れています。ただし、京都大学は関西学連に所属しているため、関東の大学が中心となる箱根駅伝への出場権はありません。それでも関西地区の駅伝大会では常に上位を狙える位置にいます。
