太田充氏の知名度が一気に全国区となったのは、2018年3月に表面化した森友学園への国有地売却を巡る公文書改ざん問題でした。前任の理財局長であった佐川宣寿氏が国会答弁で「交渉記録は破棄した」と強硬に突っぱね、事態を泥沼化させた後に国税庁長官へ転任。その直後に後任として理財局長に座っていたのが太田氏でした。
改ざんの事実が明らかになった際、太田氏は予算委員会などの国会答弁で、従来の官僚答弁とは一線を画す姿勢を見せました。野党議員からの厳しい追及に対し、色をなして反論するのではなく、深く頭を下げて以下のように述べた場面は当時の報道特番やニュースでも大きく報じられました。
「改ざんは誠に遺憾であり、深くお詫び申し上げます。当時の対応は極めて異常であったと言わざるを得ません」
公文書の書き換えという前代未聞の不祥事に対し、責任を曖昧にせず組織の非を認める答弁を展開したことで、野党の激しい怒号が飛び交う委員会室の空気を鎮静化させる役割を果たしました。当時の麻生太郎財務大臣も、太田氏の的確な受け答えと答弁能力の高さに全幅の信頼を寄せていたと伝えられています。
