進路実績の出口戦略において、同校が持つ最大の強みは「系列大学との強力なパイプ」と「国公立大学を目指せる特進指導体制」のハイブリッド構造にあります。北海道科学大学高等学校の進学実績は、医療系・理工系への進学に極めて強い特色を持っています。
系列の北海道科学大学(薬学部、保健医療学部、工学部、未来デザイン学部)への内部推薦制度は、他校にはない大きなアドバンテージです。高校在学中から大学の専門講義や研究室に触れる高大一貫の教育連携により、高校生のうちに進路の解像度を高め、薬学・看護・診療放射線・臨床工学・理学療法・建築・情報といった高度専門職への切符を掴む生徒が多数を占めます。
さらに特別進学コースでは、北海道大学をはじめとする国公立大学や、MARCH・関関同立といった本州の難関私立大学への一般受験合格者もコンスタントに輩出しています。以下の表は、各コースの特徴とデータ指標を整理した比較表です。