幸福の科学学園が設立当初から全国的な注目を集めた最大の要因は、地方の新設校でありながら東京大学をはじめとする最難関国立大学や医学部への合格者を連続して輩出した点にあります。
学校公式発表の進路実績データによると、過去の累計実績において東京大学、京都大学、東京工業大学、一橋大学などの旧帝国大学・難関国立大への合格者をコンスタントに記録しています。早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、東京理科大学などの難関私立大、さらには国公私立の医学部医学科への進学実績も多数積み上げられてきました。
この高い進学実績を生み出す構造的要因として、現場の教育システムには以下の3つの特徴が挙げられます。
- 通塾不要の夜間自学自習制度：平日の夜間に寮内または教室で約2〜3時間の義務自習時間が設定され、教員が常駐して質問対応にあたる仕組みが確立されています。
- 徹底したデジタルデトックス環境：生徒の私用スマートフォンやゲーム機の持ち込みは原則として厳しく制限されており、学習への集中を妨げる誘惑が物理的に遮断されています。
- 少人数習熟度別授業：1学年100名前後のコンパクトな規模感を活かし、生徒一人ひとりの学力特性に応じた個別最適化指導が行われています。
一方で、近年は生徒層の多様化に伴い、難関国立大志向だけでなく、系列の高等宗教研究機関「ハッピー・サイエンス・ユニバーシティ（HSU）」への進学や、中堅私立大への進路を選択する層も一定数存在し、学力格差への対応が指導上の課題として挙げられています。
