事務次官を務め上げた官僚が退任時に受け取る退職金は、一般的な公務員や民間企業の相場を遥かに凌駕します。国家公務員の退職手当は「退職日の俸給月額 × 勤続年数に応じた支給割合 ＋ 調整額」で計算されます。
大学卒業後に国家公務員総合職（旧I種）として入省し、約35年間の勤務を経て事務次官で勇退した場合、退職金支給額は約5,000万〜6,000万円に達します。指定職としての在職期間に応じた加算額が大きいため、一般的な公務員の定年退職金（約2,000万円前後）の2.5倍から3倍近い金額が一括支給される仕組みです。
多額の公金が投じられることから国会やメディアで度々議論の対象となりますが、国家の根幹を担う重責と、激務に耐え抜いた30余年のキャリアに対する対価として現行制度上維持されています。
