私立高校への進学で気になる経済面について、近江兄弟社高校の初年度学費は入学金・授業料・施設費等を含めて約80万〜90万円程度が目安となります。国の「高等学校等就学支援金」や滋賀県独自の私立高等学校授業料等減免制度の対象となるため、世帯年収に応じた実質的な負担軽減が可能です。
さらに、同校独自の手厚い特待生制度（スカラーシップ）が用意されています。入試成績優秀者やスポーツ・文化活動で卓越した実績を持つ生徒に対して、入学金免除や授業料の全額・半額免除が適用されるため、費用を抑えて質の高い私学教育を受けたい家庭にとっても魅力的な選択肢です。
入試倍率は、2月初旬に行われる一般入試において併願受験者が多いため見かけ上の倍率は1.5〜2.5倍程度となりますが、実質的な合格率は各コースのボーダーラインを満たしていれば安定しています。また、上位クラスを受験して基準に届かなかった場合に他コースで判定を受けられる「スライド合格（回し合格）制度」が導入されており、受験生にとって挑戦しやすい入試設計となっています。
