ホテルモントレ京都の最大のストロングポイントといえるのが、最上階13階に位置する天然温泉施設「スパ・トリニテ」です。地下1,000メートルから湧き出る天然温泉（加温・循環ろ過）を使用しており、京都の中心部にいながら本格的な湯浴みを楽しめます。
泉質はナトリウム・カルシウム-塩化物温泉で、湯上がり後も体が芯からポカポカと温まり、肌がしっとりとなめらかになると評判です。浴場内には広々とした内湯をはじめ、京都の空を仰ぐ露天風呂、女性用ミストサウナ、男性用ドライサウナ、水風呂を完備。13階のラウンジからは古都の街並みや遠くの山並みを一望でき、リフレッシュに最適な空間が整っています。
スパ・トリニテは宿泊者専用ではなく、日帰り温泉としてのスパ利用も可能です。日帰り利用では入浴とラウンジ利用がセットになったプランや、ランチ・エステが組み合わさった贅沢なデイユースプランが人気を集めています。宿泊客の場合、スパ利用が含まれた宿泊プランを選ぶか、現地で追加料金（大人1回1,500円〜2,000円程度、プランにより優待あり）を支払うことで利用可能です。
