次亜塩素酸水が子育て世帯やペットオーナーから高い支持を集める最大の理由は、赤ちゃんペットへの安全性にあります。除菌・消臭後に残留物が残らず水と微量の塩分に変わるため、乳幼児が口に入れやすいおもちゃの除菌や、犬・猫のトイレシート周り、ケージの清掃に安心して使えます。
一方で、慎重な取り扱いが求められるのが次亜塩素酸スプレー危険性と空間噴霧をめぐる問題です。
超音波加湿器などを用いた有人空間での噴霧について、世界保健機関（WHO）や厚生労働省は「空気中のウイルス除去を目的とした消毒剤の空間噴霧は、吸入毒性などの安全性が確立されていないため推奨しない」との見解を示しています。薬液がミスト化して気道粘膜へ直接届くことによる呼吸器への影響が懸念されるためです。
製品によってはメーカー独自に吸引毒性試験・急性経口毒性試験をクリアしているものもありますが、空間除菌に過度な期待を寄せるのは禁物です。室内衛生の基本はあくまで定期的な換気と手が触れる表面（ドアノブやテーブル）の清拭であり、スプレーはピンポイントの除菌・消臭ツールとして活用するのが賢明です。
