水明館の代名詞ともいえるのが、館内に設置された「趣の異なる3箇所の大浴場」です。宿から一歩も外に出ることなく本格的な湯巡りが完結する設計は、大規模旅館ならではの醍醐味といえます。
飛泉閣9階に位置する「展望大浴場」は、飛騨川のせせらぎと下呂の街並み、そして遠くに連なる山々を一望できるパノラマビューが自慢です。ガラス張りの広々とした浴槽に浸かりながら眺める朝焼けや夕景は圧巻の美しさを誇ります。一方、山水閣1階にある「野天風呂」は、巨石と緑豊かな木々に囲まれ、自然の息吹を感じながら湯あみを楽しめる野趣あふれる空間です。
さらに温泉通からとりわけ高い評価を得ているのが、臨川閣3階の「下留の湯（しもるのゆ）」です。香り高い総檜造りの湯船に、アルカリ性単純温泉のトロリとした「美肌の湯」が惜しみなく注がれており、木肌の温もりと極上の泉質が深いリラックス効果をもたらします。
また、宿泊客だけでなく水明館の日帰り温泉利用者にも門戸が開かれています。日帰り温泉と館内レストランでの昼食がセットになったプランや、エステサロンを組み合わせた贅沢な日帰りエスケープも用意されており、名古屋方面からのドライブ旅や女子旅の立ち寄り先としても堅実な人気を集めています。
