経済的理由や不測の事態で休学を余儀なくされた場合、申請によって学費や在籍料が減免・免除されるセーフティネットが存在します。
代表的な制度が「病気療養に伴う学費減免制度」です。不慮の事故や病気、メンタルヘルスの不調などにより医師の診断書を添えて休学届を提出した場合、私立大学であっても在籍料を減額したり、通常は返還されない納付済み学費を還付する特例措置を設けている大学があります。
また、海外留学を理由とする休学では、「協定留学」と「私費休学留学」で費用の扱いがまったく異なります。大学の交換留学プログラム（協定留学）であれば、日本の大学に通常通り学費を納める代わりに留学先の学費が免除されるのが一般的です。これに対して、個人で語学学校や海外大学を手配する私費留学の場合は、日本の大学を休学して在籍料を払い、さらに現地の授業料と生活費を自己負担する形になるため、資金計画を綿密に立てる必要があります。
