結論から言えば、どちらも正しくペルーの国旗である。ただし、使われる目的と主体が異なる。中央にペルーの国章（ビクーニャ、キナの木、豊穣の角が描かれた盾）を配置したタイプは「パベヨン・ナシオナル（Pabellón Nacional）」と呼ばれ、ペルー政府や公的機関、軍隊、在外公館などが公式行事で掲揚するために定義された政府用国旗だ。
一方、中央に何の紋章もない赤・白・赤のシンプルな3色旗は「バンデラ・ナシオナル（Bandera Nacional）」と呼ばれ、民間人や民間企業が使用する市民用国旗である。南米のペルー共和国では、一般市民が普段の生活や祝祭日で掲げる際、無地の市民用旗を用いるのが基本的ルールとされてきた。
