吉村作治氏の家族構成について、公に知られている情報は極めて限られています。元妻との間には子供が誕生していましたが、一般社会で自立した生活を送っていることから、名前や職業などは公表されていません。
父親が世界的名声を得る一方で、幼少期に父親と共に過ごす時間が極端に少なかった子供たちとの間には、かつて一定の距離感があったと伝えられています。しかし、吉村氏が年齢を重ね、病気などを経験する中で、家族に対する感謝の念を周囲に漏らす場面も見られるようになりました。家庭人としての役割を全うできなかった悔恨を抱えつつも、陰ながら子供たちの幸福を願う父親としての素顔が垣間見えます。