利用者の間でしばしば議論を呼ぶのが、「なぜ一部の主要駅を『かがやき』が通過するのか」という点です。例えば、富山県西部の拠点である新高岡駅や、福井県内の温泉地最寄り駅の一部では、かがやきの大半が通過します。
この運行設計には、航空機との時間競争という明確な理由が存在します。東京〜富山・金沢・福井間において、鉄道がシェアを獲得するためには「4時間の壁」を大幅に下回る必要があります。東京〜福井間を2時間台で結ぶためには、加減速によるタイムロスを極力排除し、主要ターミナル駅への停車を絞り込まざるを得ません。
福井駅の運行本数は、かがやき・はくたか・つるぎを合わせて1日下り40本以上が確保されており、福井〜敦賀間では高頻度な移動が担保されています。通過駅の利便性については、後続の「つるぎ」や「はくたか」が細かくフォローし、富山駅や金沢駅、福井駅で緩急接続を行うことで全体の輸送効率を最大化する設計が採られています。
