大政奉還によって先手を打たれた薩長側は、王政復古の大号令と小御所会議を強行し、慶喜から官位と領地を奪う辞官納地を要求。これに激昂した旧幕府軍が上洛を目指したことで、1868年1月に鳥羽・伏見の戦いが勃発しました。
戦況が混迷を極める中、戦場に薩長軍の掲げる「錦の御旗（官軍の証）」が現れます。これを目にした慶喜は突如として戦意を喪失し、夜間に側近や会津藩主・松平容保らわずかな供回りとともに軍艦「開陽丸」へ乗り込み、大坂城を脱出して江戸へと引き揚げてしまいました。
味方の将兵を置き去りにしたこの行動は、当時「希代の大臆病者」「敵前逃亡」と激しく罵倒されました。しかし、この決断の根底には慶喜が育った水戸学の教えである「朝廷に弓を引くことだけは絶対に許されない」という強烈な尊王精神がありました。もし慶喜が徹底抗戦を選んでいれば、日本は長期の内戦に突入し、イギリスやフランスによる国土の分割植民地化を招いていた可能性は否定できません。
歴史研究においても「政権維持に失敗した愚将」とする見方と、「自ら泥をかぶることで日本の内乱拡大と植民地化を防いだ名君」とする見方の双方が存在し、今なお激しい議論の的となっています。
