この事件は長年、日本側の視点から「傍若無人なイギリス艦による理不尽な乱入」と語られがちでした。しかし、近年の歴史研究や多国間外交史の検証により、別の側面も浮き彫りになっています。
当時のオランダ本国はフランス軍に占領され、東南アジアの拠点であるバタヴィア（現ジャカルタ）もイギリス海軍の封鎖下にありました。出島のオランダ商館は、本国が滅亡状態にある中でも「オランダの国旗が翻る世界最後の領土」として孤立無援の貿易を維持していたのです。
イギリス海軍からすれば、敵国フランスの支配下にあるオランダ資産を根こそぎ奪取することは正当な戦時作戦でした。フェートン号のペリュー艦長にとっては、長崎は「中立国の港」ではなく「敵国オランダの最後の補給基地」に見えていたという軍事的現実があります。長崎奉行所が前提としていた「平和な通商管理」と、ヨーロッパの苛烈な総力戦の論理との間に、埋めがたい認識の断絶が存在していたのです。
