2012年に自民党が政権を奪還して以降、萩生田氏は「安倍晋三元首相の最側近」としての地位を不動のものにしていきます。内閣官房副長官や自民党総裁特別補佐を歴任し、官邸のスポークスマンおよび党内調整役として手腕を振るいました。
政策担当大臣としてのキャリアも際立っています。2019年の第4次安倍第2次改造内閣で文部科学大臣として初入閣。全国の小中学校に1人1台の学習用端末を配備する「GIGAスクール構想」の推進や、大学入試改革の舵取りを担当しました。歯に衣着せぬ発言で物議を醸す局面もありましたが、卓越した突破力で政策を前進させた実績は官僚機構からも高く評価されています。
続く岸田文雄政権では、2026年に経済産業大臣、2026年には自民党政務調査会長に就任。エネルギー危機への対応や半導体サプライチェーンの強靭化など、経済安全保障分野の司令塔として辣腕を振るい、清和政策研究会の幹部（いわゆる「5人衆」）の筆頭格として党内序列を駆け上がりました。
