診断が確定した後の腸内発酵症候群の治療法は、「真菌の駆除」と「発酵エサの遮断」、そして「腸内環境の正常化」を軸に進められます。
薬物療法においては、培養検査で感受性が確認された抗真菌薬（フルコナゾール、イトラコナゾール、ナイスタチンなど）を一定期間経口投与し、消化管内で異常増殖した酵母菌を直接叩きます。しかし、薬だけで完治させることは困難であり、並行して厳格な食事療法を実施することが不可欠です。
食事管理の基本は徹底した炭水化物や糖質制限の食事療法です。精製された白米、小麦製品、砂糖、果糖を極力排除し、高タンパク・良質脂質を中心とした食事へ切り替えることで、真菌へのエネルギー供給を断ち切ります。さらに、抗生物質などで荒廃した腸内フローラを再建するため、医療用プロバイオティクスの補給や、重症例では糞便微生物移植（FMT）の適用が検討されるなど、多角的なアプローチによって再発を防ぎます。
