青年将校たちは、決起さえすれば陸軍首脳部が同調し、昭和天皇も自らの忠誠心を理解して「大命（天皇の命令）」による維新政府が樹立されると確信していました。陸軍首脳陣の一部にも彼らの動機に理解を示す甘い姿勢（「維新の志は認む」とする陸軍大臣告示など）が見られました。しかし、その目論見は昭和天皇の激しい怒りによって完全に打ち砕かれます。
自らが信任する重臣たちを理不尽に惨殺された昭和天皇は、事件の一報を受けると激怒。「朕が股肱の老臣を殺害す、此の如き暴徒等は其の精神に於ても何の恕すべきものありや（私の手足である重臣を殺害するとは、このような暴徒の精神に何の酌量の余地があろうか）」と厳しく断じ、反乱軍の即時鎮圧を強硬に命じました。陸軍首脳が反乱部隊への説得を躊躇すると、昭和天皇は「陸軍が鎮圧をためらうなら、朕自らが近衛師団を率いて鎮圧に向かう」とまで言い放ったと記録されています。
2月27日、政府は東京市内に戒厳令を敷き、香椎浩平中将を戒厳司令官に任命。天皇の確固たる意志に押された陸軍首脳は、2月28日、ついに反乱部隊に対して原隊復帰を命じる「奉勅命令（天皇の命令）」を発出しました。これにより、彼らは「維新の義軍」から一転、反逆の汚名を着せられた「叛乱軍」となったのです。
2月29日、戒厳司令部はラジオ放送や飛行機からのビラ配り、アドバルーンを用いて有名な投降呼びかけを実施しました。
「今からでも遅くないから原隊へ帰れ。抵抗する者は全部逆賊として射殺する。お前たちの父母兄弟は皆泣いておるぞ」
この呼びかけにより下士官・兵卒たちの動揺は決定的なものとなり、部隊は次々と投降。首謀者の将校たちも観念し、野中四郎大尉がピストル自決を遂げたほか、主要幹部が相次いで拘束され、帝都を震撼させたクーデターは発生から4日目に無血鎮圧されました。
