まんだらけを語る上で避けて通れないのが、店舗やフロアごとに徹底して分けられた「専門館システム」です。一般的な大型リサイクルショップのように全商品が一箇所に雑多に並べられているわけではなく、ジャンルごとに専任のバイヤーと担当者が配置されている点に最大の特徴があります。
とくに聖地とされる中野ブロードウェイにおいては、2階から4階にかけて約30もの専門店舗が迷宮のように点在しています。主な専門館の役割は以下の通りです。
・本店 / マニア館：ヴィンテージコミック、絶版新書判、貸本漫画、雑誌付録など、紙媒体の歴史的遺産が集結。
・スペシャル館 / 変や：鳥居のゲートが目印の「変や」を中心とする、ブリキ玩具、企業ノベルティ、昭和レトロなソフビ人形の最高峰フロア。
・インフィニティ / アイドル館：昭和・平成・令和の歴代女性アイドル、男性アイドル、2.5次元舞台俳優の公式グッズ、生写真、コンサートパンフレット、ファンクラブ会報を網羅。
・海馬（かいば）：美術書、写真集、サブカルチャー文芸、映画パンフレット、精神世界や思想関連の専門書に特化。
・ミクロ館：消しゴムフィギュア（キン消し、ガン消し等）、食玩、駄玩具、ヴィンテージステッカー（ビックリマン等）のマイクロトイ専門。
一方、秋葉原のランドマークである黒いビル「秋葉原 コンプレックス」は、1階の買取受付・ショーケースから最上階までが縦型にレイアウトされており、1フロアごとに「TOY」「カード・シール」「ドール」「男性向け同人」「レトロゲーム」と明確にゾーニングされています。また、渋谷店は地下空間を活かしたアングラ感あふれる演出で、洋トイやデザイナーズトイ、カルチャー誌の取り扱いに強みを持っています。
