私生活において仲本さんは3度の結婚を経験しています。2人目の妻との間にもうけた子供たちを大切に育てる一方、2012年には27歳年下の演歌歌手・三代純歌さんと結婚。年の差婚として大きな話題を集めました。
晩年は夫婦で東京・目黒区に居酒屋「仲本家 JUNKAの台所」やカラオケスナックをオープン。仲本さん自身も厨房に立ち、訪れるファンや常連客と気さくに触れ合う姿が親しまれていました。
一方で、事故直前の一部週刊誌によって「妻が出て行き、ゴミ屋敷でペットと暮らしている」といった過激な見出しの報道がなされ、世間に衝撃を与えました。しかし、関係者や純歌さんの証言によると、実際には新店舗への転居準備やペットの飼育方針を巡る一時的なすれ違いであり、絶縁状態ではなかったことが明らかになっています。夫婦間の繊細なバランスが、センセーショナルに切り取られてしまった側面が強かったといえます。
