自治医科大学附属病院を受診する際、まず理解しておくべきなのが特定機能病院としての位置づけです。国が推進する医療機能の分化・連携方針に基づき、同院では重症患者や専門的な治療を必要とする患者を優先的に受け入れる体制が整えられています。
そのため、受診にあたっては近隣のクリニックや医院からの紹介状（診療情報提供書）を持参することが強く推奨されています。かかりつけ医を通じて地域医療連携室経由で初診予約を取得してもらうルートが最も確実で、当日の受診もスムーズに進行します。
紹介状を持たずに直接来院して受診することも制度上は可能ですが、健康保険の自己負担分に加えて選定療養費として7,700円（税込）が別途徴収されます。さらに、予約患者が優先されるため、当日の待ち時間が数時間に及ぶケースや、診療科によっては当日の初診受付を行っていない診療科もあるため注意が必要です。
外来診療時間は原則として月曜日から金曜日（祝日・年末年始を除く）の午前帯が中心となっており、初診受付時間は午前8時30分から午前11時00分までとなっています。再診の場合は予約時間に応じた受付となりますが、初診時は問診票の記入やカルテ作成の手続きがあるため、指定された時間の30分前には初診受付窓口に到着しておくのが鉄則です。
