結論から言えば、100均アイテムを使ったApple Pencilホルダーの代用は実用上かなり快適に機能します。ただし、使用しているApple Pencilの世代によって大きな落とし穴が存在します。
最大の注意点は、Apple Pencil(第2世代)やApple Pencil Proのマグネット充電機能との兼ね合いです。iPadの側面に磁力で吸着させてワイヤレス充電を行う仕組み上、iPad側面に厚みのあるiPadペンホルダーシールを貼ってしまうと、磁力が弱まり充電認識が途切れてしまいます。充電エリアを避けてiPadの背面やSmart Folioのフタ部分にシールを貼る工夫が必要です。
一方で、充電端子に直接挿して給電する第1世代やUSB-Cモデルであれば、ホルダーの干渉を気にする必要がありません。移動中にApple Pencilが落ちないホルダーとしての役割を求めるのであれば、ゴムの締め付けがしっかりした100均のバンドやタイトなポケットシールで十分なホールド力を発揮します。