私生活における南原清隆は、極めてスキャンダルと無縁なクリーンな人物として知られています。1993年、バラエティ番組の現場で出会った元スタイリストの一般女性と結婚。当時、お笑い界のトップスターでありながら誠実な交際を実らせた結婚発表は大きな祝福を集めました。
結婚から約12年後の2005年には待望の第1子となる長男が誕生。ナンちゃんは多忙なスケジュールの合間を縫って育児に積極的に参加し、学校行事や家庭の時間を非常に大切にしてきた愛妻家・子煩悩な父親です。
家庭内のプライバシーはしっかりと守りつつも、テレビ番組のフリートークで時折見せる家族とのほのぼのとしたエピソードからは、穏やかで円満な家庭環境が伝わってきます。長年のお昼の帯番組MCに求められる「清潔感」や「安心感」は、こうした堅実な私生活の基盤があるからこそ成立しています。