杏林大学三鷹キャンパスの住所は東京都三鷹市新川6-20-2に所在します。緑豊かな武蔵野の景観に囲まれながら、敷地内には最新の医療機器を備えた大学病院と研究棟、講義棟が整然と立ち並んでいます。
現在、三鷹キャンパスに設置されている学部は杏林大学医学部（医学科）です。かつて設置されていた保健学部の大半は2016年の井の頭キャンパス開設に伴い移転しましたが、医学部の6年間におよぶ専門教育と大学院医学研究科の最先端研究は、今なおこの三鷹の地で集中的に行われています。
敷地内には特定機能病院である杏林大学医学部付属病院が併設されており、学生は1年次の早期臨床体験から高学年の臨床実習（クリニカル・クラークシップ）に至るまで、生きた医療現場を日常の学び舎として活用できる類いまれな学習環境が確保されています。
