丸山ワクチンを希望する場合、患者や家族は現在も定められた正規の治験手続きを踏む必要がある。手順は確立されており、まずは日本医科大学付属病院内のワクチン療法研究施設に連絡を取り、所定の書類（治験承諾書・臨床経過証明書など）を取り寄せることから始まる。
核心となるのは主治医の協力だ。ワクチンは週3回程度の定期的な皮下注射を要するため、かかりつけ医や担当の腫瘍内科医に治験担当医師としての承諾を取り付け、注射の実施と定期的な経過報告を依頼しなければならない。費用面においては、保険適用外ではあるものの、有償治験SSMプロジェクトの規定に基づき、1クール（約40日分・20本）あたり数千円から1万円強の実費負担に抑えられており、高額療養費制度を圧迫する一般的な自由診療と比べて経済的ハードルは格段に低い。
