新宿マルイ本館のフロア構成は、従来の「婦人服中心の百貨店型」から、時代の要請に応じた体験型・共感型テナントへと大きくシフトしています。過去数年間で実施された大規模リニューアルに伴い、従来のアパレル専有面積を適正化し、コスメ・スキンケア・ウェルネス・ライフスタイル雑貨、そして期間限定のポップアップスペースが有機的に配置されています。
地下1階は地下鉄連絡口と直結しており、スイーツやコスメ、デイリーケアアイテムがコンパクトに揃います。1階から地上上層階にかけては、話題のD2Cブランドの実物体験ブース、オーガニックコスメショップ、ライフスタイル雑貨、そしてコワーキングやサロン機能を持つスペースが展開されています。
メンズ商品の取り扱いに関しては、近隣の「新宿マルイ メン」に本格的なメンズアパレルが集約されている一方、本館ではユニセックスアイテム、ジェンダーレスコスメ、ギフト向け雑貨を中心に取り揃えています。男性単独でのショッピングはもちろん、カップルや友人同士で自然に立ち寄れるフロア設計が特徴です。