仕上がりの見た目や食感を左右しているのが、原材料の配合バランスです。特にホットケーキの甘さと砂糖の量、そして膨張剤の役割を果たすベーキングパウダーの配合の違いが、両者の個性を決定づけています。
ホットケーキ用のプレミックス粉は、そのまま焼くだけでシロップをかけずとも美味しく食べられるよう、粉全体の約15〜20%程度の砂糖やブドウ糖があらかじめ配合されています。さらに、気泡をしっかりと抱え込ませて縦に膨らませるため、ベーキングパウダーの配合比率が高めに設計されているのが特徴です。これにより、断面がきめ細かく、カステラのようにしっとりとした厚みとふわふわ感の作り方の違いが生まれます。
一方で、伝統的なパンケーキの生地は、砂糖の配合量が極めてわずか（粉に対して数％程度）か、場合によっては砂糖を一切入れずに塩とバターミルクを加える配合が主流です。膨らみよりも生地のもっちり感や口溶けの軽さが優先されるため、焼き上がりは比較的薄く、重ねて食べるスタイルが定着しました。
カロリーと糖質の比較を見ると、生地単体（100gあたり）では、砂糖を多く含むホットケーキが約230〜250kcal・糖質約40〜45gであるのに対し、砂糖控えめのプレーンなパンケーキは約180〜210kcal・糖質約25〜30g程度に収まります。ただし、パンケーキの上にホイップクリームやシロップ、フルーツを大量に盛り付けた場合、全体のエネルギー量は容易に600〜800kcalを超えるため、トッピングを含めた総体で判断する必要があります。
