九国大付属高校を語る上で欠かせないのが、全国舞台で圧倒的な存在感を放つ運動部の実績です。特に九国大付属高校 野球部は、春・夏の甲子園出場を幾度も果たし、プロ野球界（NPB）にも多数のドラフト指名選手を輩出してきた全国屈指の超名門です。
甲子園のアルプススタンドを揺らす応援団の熱気や、厳しい練習に裏打ちされた規律あるプレースタイルは、同校のスクールアイデンティティの象徴となっています。また、野球部と並んで全国的な知名度を誇るのが九国大付属高校 サッカー部です。全国高校サッカー選手権大会への出場実績を重ね、強豪ひしめく福岡県予選を勝ち抜くタフな組織力は全国の指導者からも高く評価されています。
強豪部活動の生徒たちは専用グラウンドや充実したトレーニング施設を活用し、技術面だけでなく人間形成を重んじる厳しい指導のもとで日々鍛錬を積んでいます。この「全国基準の勝負強さ」が校内全体に刺激を与え、一般生徒の学力向上に対するモチベーションにも良い相乗効果を生み出していると現場関係者は証言します。
