多くの乗客が抱く最大の誤解が、「新大阪駅で新幹線を降りてそのまま在来線で三ノ宮や京都へ向かったのだから、乗り越し運賃は新大阪からの全額を払う必要がある」という思い込みです。もし下車駅で新大阪駅発の初乗り運賃を含めて精算してしまうと、本来切符に含まれている「大阪市内エリアの運賃」を重複して支払うことになり、明白な金銭的損失が発生します。
JR西日本運賃ルールにおける片道100kmを超える乗車券の区間変更（乗り越し）は、「打ち切り計算」が適用されます。券面に記載されたエリアの最も外側にある境界駅運賃計算が行われるため、精算額は「境界駅〜実際の降車駅」までの普通運賃のみで済む仕組みです。
例えば、山陽本線（JR神戸線）方面へ向かう場合、大阪市内の最西端に位置する境界駅は塚本駅です。新大阪駅から神戸方面へ直通の新快速に乗ったとしても、計算上は塚本駅で切符が途切れたとみなされます。神戸方面乗り越し精算を行う際、新大阪〜三ノ宮間の通常運賃（410円）を払う必要はなく、境界駅である塚本〜三ノ宮間の運賃（330円）を支払うだけで済みます。差額の80円が浮く計算です。
同様に、東海道本線（JR京都線）方面へ向かう際の境界駅は、新大阪駅のすぐ隣にある東淀川駅です。京都方面乗り越し運賃を精算する際、高槻駅や茨木駅など近距離の駅で降りる場合は、新大阪発で計算するか東淀川発で計算するかによって運賃区分が変わり、数百円単位の無駄な支出を防ぐことができます。
