離婚にあたって最大の焦点となったのが、当時4歳だった長女の親権問題です。ブログ上での激しい応酬が続いていたため親権争いの長期化が懸念されましたが、最終的には母親である小林礼奈が親権を持つことで合意に至りました。
離婚協議において、瀧上伸一郎が適切な養育費を毎月支払うことや、定期的な面会交流を実施することが取り決められました。瀧上伸一郎は離婚後も父親としての責務を果たす姿勢を一貫して示しており、自身のブログやSNSでも娘と過ごす休日の様子を度々公開しています。親権をめぐる感情的な対立を乗り越え、娘の健全な成長を最優先に考えた距離感を保っています。