こうした怪談が広がる際、必ずセットで語られるのが「昔、施設や近くの海で重大な事故があった」という説明です。しかし、客観的な事実関係を調査してみると、牟岐少年自然の家の噂の真相は噂話とは大きく異なる姿を見せています。
当時の報道記録や公的資料を精査しても、同施設内で凄惨な殺人事件や施設起因の怪死事件が発生した事実は一切確認できません。自然体験学習である以上、擦り傷や打撲、軽い体調不良といった日常的な救急対応はあったものの、心霊現象の原因として語られるような忌まわしい過去の事故は存在しないのが実情です。
では、なぜあれほど多くの生徒が「不気味な体験」を口にしたのでしょうか。その答えは、牟岐町特有の豊かな自然環境にあります。海沿いの高台に位置する施設は常に強い海風にさらされており、風が建物の隙間を抜ける際に低い唸り声のような風切り音を発生させます。また、古い鉄筋コンクリートや木材の収縮によって生じる「家鳴り（ラップ音に似たパキッという音）」や、夜行性の小動物や虫の気配が、静まり返った夜の館内で怪奇現象として誤認された可能性が極めて高いと考えられます。
