インターネット上で「不二阿祖山太神宮 怪しい 理由」と検索するユーザーの多くは、一般的な神社とは一線を画すその独特な空気感に疑問を抱いています。客観的な調査を進めると、疑念を持たれる背景には3つの明確な理由が存在することが浮き彫りになってきました。
第一の理由は、『宮下文書（富士古文書）』という超古代文書を教理の根幹に置いている点です。宮下文書とは、富士山麓に栄えたとされる超古代文明「富士高天原王朝」の興亡を記した古記録群ですが、近代の歴史学・文献学においては学術的な確証が得られておらず、いわゆる「古史古伝（偽書）」として扱われるのが一般的です。正統な日本神話（『古事記』『日本書紀』）とは大きく異なる世界観を公式に掲げているため、歴史愛好家や一部の一般参拝者から「オカルト的で怪しい」と受け取られやすい側面があります。
第二の理由は、神社本庁に属さない「単立宗教法人」であり、儀礼や作法が極めて独自である点です。一般的な「二礼二拍手一礼」ではなく、境内の手水舎や拝殿前で独特の身体動作を行ったり、宇宙エネルギーや素粒子といった現代科学用語を交えた神道解釈がなされたりします。この新宗教的・スピリチュアル的なアプローチが、伝統的な神社に慣れ親しんだ人々に違和感を与えています。
第三の理由は、大規模な再建奉賛金（寄付金）集めと政治的・社会的ネットワークの存在です。後述する再建プロジェクトには億単位の巨額資金が動いており、過去に週刊誌などで著名人や政治家との関わりがセンセーショナルに報じられた経緯があります。崇敬会への入会案内や寄付の呼びかけが熱心に行われている様子を見て、身構えてしまう参拝客が少なくないのも事実です。
